《合肥工业大学学报(自然科学版)》是由国家教育部主管、合肥工业大学主办的自然科学综合性学术期刊。本刊以教学和科研服务，传播科学技术，弘扬民族优秀科技文化，促进国际科技交流，为社会主义现代化建设服务为办刊宗旨。
本刊主要刊登机械与汽车工程、计算机与信息工程、电子科学与工程、土木与水利工程、资源与环境工程、交通工程、化学与化学工程、生物与食品工程、管理科学与工程、数理科学、材料科学与工程、电气与自动化工程以及新兴科学技术等领域研究论文、科研成果、学术讨论、专题综述及动态报道。
本刊紧密围绕科教兴国战略、人才强国战略、创新驱动发展战略，目前设置 "机器人与人工智能" "环境污染与防治" 两个特色专栏，稿件一经录用将优先刊发。
本刊为中国科技论文统计源核心期刊（中国科技核心期刊）、中文核心期刊（北大核心），并被美国《化学文摘（网络版）》（CA）、美国《数学评论网络版》（MSN）、俄罗斯《文摘杂志》（AJ）、德国《数学文摘（网络版）》（Zbl MATH）等国际检索系统所收录。
期刊荣誉
1999年全国优秀高等学校自然科学学报及教育部优秀科技期刊二等奖
1999、2009年安徽省高等学校学报评优中荣获优秀学报一等奖
2009年全国高校科技期刊优秀编辑质量奖
1997、2013年华东地区优秀期刊奖
2013、2018年安徽省高校学报质量监测评比中荣获优秀学报
2016年安徽省科技期刊编校质量奖（第一名）
2017—2018、2019—2020年度安徽省优秀期刊
2006、2008、2010、2012、2014、2018、2020年中国高校优秀科技期刊奖
2022、2024年中国高校科技期刊建设示范案例库优秀科技期刊